НТО "ИРЭ-Полюс" было создано заведующим лабораторией ИРЭ РАН В.Гапонцевым в декабре 1991 г. на базе нескольких сотрудников и студентов В.Гапонцева и группы сотрудников НИИ "Полюс" под руководством А.Шестакова. При этом ИРЭ РАН и НИИ Полюс выступали в качестве соучредителей НТО. Отсюда происходит и его название.
Первоначально предполагалось, что НТО займется внедрением в России разработок в области твердотельных лазеров и лазерных материалов, выполненных в 80-е годы группами Гапонцева в ИРЭ и Шестакова в Полюсе. Однако два года безуспешных попыток показали, что выбранные направления бесперспективны в силу экономической разрухи на внутреннем рынке и низкой конкурентоспособности на внешнем.